Июль 1941 г.

По Постановлению Совета народных комиссаров СССР для выполнения специального задания Генштаба Красной Армии организована производственная мастерская Лаборатории кристаллографии. Цель — производство пьезокварцевых стабилизаторов для партизанских раций.

Заведующим лабораторией становится Анатолий Николаевич Лобачев.

Сентябрь 1941 г.
Небольшая мастерская не могла обеспечить необходимый объем производства кристаллов сегнетовой соли. А.В. Шубников, Н.Н. Шефталь и А.С. Шеин обратились с докладной запиской в Комитет обороны, на основе которой после совещания в Кремле было принято Правительственное постановление (9 сентября 1941 г.) об организации завода № 633 для изготовления кристаллов сегнетовой соли, пьезоэлементов и пьезоэлектрических приборов на их основе. Еще один завод того же профиля заработал в Ташкенте.

Октябрь 1941 г.

Лабораторию кристаллографии эвакуировали на Урал, в Свердловскую область в деревню Филатово. Часть сотрудников лаборатории ушла на фронт.

Ноябрь 1941 г.

В ноябре 1941 г. в Москве было выращено 329 кг монокристаллов. Более 40 из 54 тонн кристаллов, выращенных обоими заводами за время войны, были получены статистическим методом Шефтеля.

Женщины лаборатории кристаллографии в дни войны
"Первые месяцы войны учреждения академии наук СССР эвакуируют в тыл. Но маленькая Лаборатория кристаллографии оставлена в Москве для выполнения большого заказа. Она пополняет свой заказ за счёт женщин. К станку для изготовления кварцевых пластин становится кварцевик — Е.В. Цинзерлинг и впервые начавшая работу девятиклассница Лена Борисова…
Нам пришлось продолжать работу в деревне Филатово в 120 км от Свердловска… Главную силу составили женщины, эвакуированные из Москвы… наш коллектив помогал колхозу в селе и уборке. Е. Мещерякова, Л. Татаринова, В. Ферсман, А.Гальперина, Е. Лобачёва и другие успевали везде. Входила стенгазета, устраивались вчера самодеятельности, оказывали помощь эвакуированным. Выпуск продукции был увеличен вдвое" Л. Беляев 1958 г.

1943 г.

Весной 1943 г. эвакуированная часть Лаборатории кристаллографии АН СССР возвратилась в Москву и объединилась с оставшимися в Москве сотрудниками.
Лаборатория занимала часть помещений в здании Института геологических наук АН СССР по адресу: Старомонетный переулок дом 35.

«Одному из заводов, выпускающих оборонные приборы, требовались кристаллы, на получение которых затрачивалось около полутора месяцев. Сотрудники Лаборатории Б.В. Витовский и Г.Ф. Добржанскийразработали более совершенный метод получения этих кристаллов, сокративший время получения их почти втрое». Из статьи "Лаборатория кристаллографии в дни войны" в газете "Большевистское знамя" от 15 января 1943 г., Сухоложье, Свердловской обл.

Распоряжением Президиума АН СССР от 16 ноября 1943 г. на базе Лаборатории кристаллографии АН СССР создан Институт кристаллографии Академии наук СССР (ИКАН).

 Из Протокола распорядительного заседания Президиума АН СССР от 16 ноября 1943 г.:
"Перевести Лабораторию кристаллографии АН СССР из Отделения геолого-географических наук в Отделение физико- математических наук и переименовать ее в Институт кристаллографии Академии наук СССР.“
Вице-президент АН СССР академик А.А. Байков.
Академик-секретарь АН СССР академик Н.Г. Бруевич.

1944 г.

Первым директором Института кристаллографии стал член-корреспондент АН СССР А.В. Шубников (назначен 9 февраля 1944 г).
Он же возглавил созданную им лабораторию кристаллографии. Учёным секретарём института стал Л.М. Беляев, заместитель директора.

Структура Института:

- Лаборатория кристаллографии (А.В. Шубников).

- Лаборатория структуры и морфологии кристаллов (Н.В. Белов).
- Лаборатория механических свойств кристаллов (М.В. Классен-Неклюдова).
- Лаборатория кристаллооптики (Н.Е. Веденеева).

Штат Института кристаллографии:
- Член-корреспондент АН СССР – 1
- Член-корреспондент Академии Архитектуры – 1
- Докторов и профессоров – 6
- Кандидатов наук – 6
- Старших научных сотрудников – 1
- Младших научных сотрудников – 8
- Научно-технического персонала – 23
- Административного и обслуживающего персонала – 10
ВСЕГО: 56

В 1944 году после демобилизации из действующей армии вернулся в институт Н.Н. Шефталь, занявшийся искусственным выращиванием кристаллов пьезокварца, в которых остро нуждалась страна. В том же году пришёл в институт З.Г.Пинскер.

В число ведущих сотрудников в это время входили:
- Н.Н. Шефталь (искусственное выращивание кристаллов пьезокварца),
- А.Н. Лобачев (электронография кристаллов),
- А.С. Шеин (применение кристаллов сегнетовой соли в радиотехнике и акустике),
- В.П. Константинова (исследование пьезоэлектрических текстур),
- В.П. Бутузов (выращивание кристаллов кварца и рубина),
- Г.И. Дистлер (электронографическое исследование пленок поливинилового спирта).

Протокол №3 распорядительного заседания Президиума Академии наук СССР от 6 апреля 1944 г.
Докладчик академик Н.Г. Бруевич

"Утвердить ученый совет Института кристаллографии Академии наук СССР в следующем составе:
1. Шубников А.В. (директор)
2. Белянкин Д.С.
3. Иоффе А.Ф.
4. Ферсман А.Е.
5. Белов Н.В.
6. Бокий Г.Б.
7. Веденеева Н.Е.
8. Леммлейн Г.Г.
9. Классен-Неклюдова М.В.
10. Флинт Е.Е.
11. Беляев Л.М. (Учёный секретарь)."

В 1944 году в работах Института кристаллографии, не состоя в штате, живейшее участие принимают академики
- А.Ф. Иоффе
- А.Е. Ферсман
- Д.С. Белянкин
- В.И. Вернадский
- А.П. Заваричкий
- Я.И. Френкель

В Институте в годы войны продолжалась работа над исследваниями:

Теория симметрии
У А.В. Шубникова возникла идея антисимметрии, которая оказалась очень плодотворной для изучения магнитных свойств кристаллов. Позднее им были выполнены работы по черно-белой и цветной симметрии.
Алексей Васильевич продолжил исследования пьезотекстур, развивая свою мысль о существовании пьезоэффекта в некристаллических анизотропных средах, высказанную еще в 1940 г.

Теория структур
В годы войны Н.В. Белов завершает свои работы по теории плотнейших шаровых упаковок. Детальный анализ таких упаковок и распределения в них октаэдрических и тетраэдрических пустот он превращает в мощный для того времени инструмент определения атомной структуры кристаллов по рентгеновским дифракционным данным.
Была расшифрована атомная структура нескольких семейств минералов, в том числе сложных силикатов.

Исследования кварца
Ряд исследований кварца, выполненных Г.Г. Леммлейном за период 1939-1941 гг., был оформлен в 1942 году в виде докторской диссертации на тему «Морфолого-генетические исследования кварца».
1943-1944 гг. — проведены также важнейшие исследования по окраске кварца.
1945 г. — сделано открытие спирального рельефа кристаллической грани, связанного с геликоидальным строением решетки кристалла, которое стало основополагающим для современной теории роста кристаллов.
Г.Г. Леммлейн предложил новый метод обнаружения элементов сверхтонкого рельефа - метод росы (осаждение паров на неоднородностях поверхности кристалла).
Н.Н. Шефталь занялся выращиванием пьезокварца, в котором остро нуждалась страна.

Выращивание кристаллов сегнетовой соли
Более 40 из 54 тонн кристаллов сегнетовой соли, выращенных за время войны, были получены статическим методом Шефталя.
А.С. Шеин разработал множество сверхчувствительных пьезоэлектрических устройств из кристаллов сегнетовой соли. 
« ...В каждом отдельном случае поставленная Витовским задача находит чрезвычайно простое и остроумное решение. Работа по разработке метода скоростной кристаллизации сегнетовой соли, проведенная в тяжелой обстановке военного времени, дала совершенно блестящие результаты». Академик А.Е. Ферсман, 22 августа 1942 г.