Институт кристаллографии Академии Наук СССР был создан распоряжением Президиума АН СССР от 16 ноября 1943 года на базе Лаборатории кристаллографии АН СССР. Первым директором Института стал член-корреспондент АН СССР Алексей Васильевич Шубников.

В 1971 году, через год после смерти Алексея Васильевича Шубникова, Институту кристаллографии Академии наук СССР было присвоено его имя в знак признания выдающихся заслуг учёного. Это решение было оформлено постановлением Совета Министров РСФСР, и с тех пор институт носит имя академика А. В. Шубникова. Данное событие подчёркивает значимость вклада Шубникова в развитие отечественной кристаллографии и создание крупнейшего научного центра в этой области.

В апреле 2016 года на базе Института кристаллографии им. А.В. Шубникова РАН был создан Федеральный научно-исследовательский центр «Кристаллография и фотоника» Российской академии наук, в который также вошли Центр фотохимии РАН, Институт фотонных технологий РАН, Институт проблем лазерных и информационных технологий РАН, Институт систем обработки изображений РАН и Лаборатория космического материаловедения.

В 2024 году в результате присоединения к НИЦ «Курчатовский институт» в
соответствии с распоряжением Правительства Российской Федерации от 24 июля 2023 года № 1980-р Федеральный научно-исследовательский центр «Кристаллография и фотоника» Российской академии наук был переименован в Курчатовский комплекс кристаллографии и фотоники НИЦ «Курчатовский институт», а Институт - в Отделение «Институт кристаллографии им. А.В. Шубникова» Курчатовского комплекса кристаллографии и фотоники НИЦ «Курчатовский институт».