В 2017 году И.С. Любутин награжден почетным дипломом Международного совета по применениям эффекта Мессбауэра (Диплом IBAME) «За выдающийся вклад в деятельность Международного мессбауэровского сообщества и за большой вклад в работу по применению мессбауэровской спектроскопии в физике твердого тела, магнетизме и кристаллохимии» (IBAME Fellow). 

В 2010 году И.С. Любутин удостоен почетного звания Заслуженный деятель науки Российской Федерации.

В 2013 году И.С. Любутин включен в состав Федеральных экспертов по науке и технике при Министерстве науки и образования Российской Федерации, а также в состав экспертов РАН.

В 2007 году И.С. Любутин награжден орденом Российского Федерального космического агентства «Знак Циолковского» («За личный творческий вклад в реализацию космических программ и проектов»).

В 2004 году И.С. Любутин избран в действительные члены (академик) Российской академии естественных наук.

В 1995, 2003, 2006, 2008, 2013, 2014 и 2018 годах научные работы отдела ЯМиМС Награждены Премиями и Дипломами имени А.В. Шубникова и Б.К. Вайнштейна, которые присуждаются в ИК РАН за лучшую научную работу года.

С 1987 года И.С. Любутин избран как Associate (региональный) редактор журнала “The Mössbauer Effect Reference and Data” Journal, США-Китай. В 1987-2015 годах он Российский представитель в Международном совете по применению эффекта Мессбауэра (IBAME).